هر دوی این توابع یک مجموعه داده آموزشی را به عنوان ورودی دریافت کرده و بر طبق آن یک سیستم استنتاج فازی (FIS) اولیه می سازند. این FIS سپس می تواند توسط ANFIS بهینه شود. به هرحال، GENFIS1 و GENFIS2 از دو جنبه با هم متفاوت هستند. اول، GENFIS1 از روش grid برای پارتیشن بندی فضای ورودی استفاده می کند (که احتمال برخورد با مشکل curse of dimensionality را افزایش می دهد) در حالیکه GENFIS2 با استفاده از SUBCLUST فضای ورودی را به روش scattering پارتیشن بندی می کند. دوم، GENFIS1 قواعدی تولید می کند که در بخش تالی آنها هیچ ضریبی وجود ندارد در حالیکه GENFIS2 با استفاده از \ (backslash) ضرایب (coefficients) را شناسایی می کند. بنابراین ANFIS مجبور است قبل از شروع بهینه سازی، سیستم فازی ساخته شده توسط GENFIS1 را تغییر دهد.