در روش اصلی برای آموزش ANFIS از دو تکنیک استفاده می شود. برای آموزش پارامترهای مربوط به بخش مقدم قواعد (rules) که توابع تعلق (membership functions) را مشخص می کنند از روش گرادیان نزولی (gradient descent) استفاده می شود. برای شناسایی پارامترهای بخش تالی از روش حداقل مربعات (least squares) استفاده می شود. بنابراین این روش به نام روش ترکیبی (hybrid) نیز شناخته می شود. البته سایر روش های بهینه سازی مانند Gauss-Newton یا Levenberg-Marquardt نیز می تواند مورد استفاده قرار گیرد.